1941年12月，太平洋战争爆发后，美国退役空军军官陈纳德从美国物色了一批飞行和机务人员共570人组成中国空军美国志愿队，其中一个中队驻昆明。陈纳德率领的美军“飞虎队”与中国空军并肩作战，给日本帝国主义以沉重打击。从此，巫家坝机场成了陈纳德和“飞虎队”的总部所在地。从1939年至1945年间进行过两次扩建，成为我国抗战时期最繁忙的军民两用机场。

  1942年５月，中美空军联合开辟“驼峰航线”后，昆明巫家坝机场又修建了一条千米跑道。中美两国飞行员冒着生命危险，不辞劳苦，夜以继日地在“驼峰航线”上穿梭飞行，地勤人员在机场上顶着严寒酷暑或倾盆大雨装卸物资、加油、检修飞机，使大批抗战物资从印度运入昆明，再从这里运往全国各个抗日战场。由于巫家坝机场每天起降的飞机最多时有400架次以上，甚至有时每两分钟就有一架飞机在这里起降，成为当时世界上最繁忙的机场之一。

  1949年11月9日，国民党政府在香港的中国和中央航空公司宣布起义，昆明机场职工在中国共产党地下组织的领导下，很好地保护了机场的一切航空财产。1950年3月，由中国人民解放军昆明市军事管制委员会接管原中国和中央航空公司昆明办事处及巫家坝机场。从此，云南民航事业揭开了新的光辉篇章。

  1957年10月5日，中缅航线成功飞行一周年，周恩来总理对民航批示：“保证安全第一，改善服务工作，争取飞行正常”，成为我国民航行业基础工作的指导方针。“保证”、“改善”、“争取”三个词语精确把握了民航工作的基础和标准，抓住了民航发展的核心和实质。

  昆明机场原有两条2200的平行跑道，其中一条为水泥碎石道面；一条为水泥灌浆道面。能起降的运输机型主要是C-46、C-47小型飞机。经国家正式批准，1958年10月开始对昆明机场进行扩建，于1959年10月1日起投入使用。1960年4月至5月，周恩来总理就先后乘坐中国自己的民航飞机，从昆明巫家坝国际机场起飞出访缅甸、印度、尼泊尔、柬埔寨、越南等国。扩建后的昆明机场，有一条长3000米、宽60米、厚19米的混凝土结构的主跑道，可供伊尔-18、三叉戟等飞机起降。

  民航从1969年起实行义务工役制，属空军建制。党的十一届三中全会以后，1980年3月5日，国务院决定改变民航的领导体制，由国务院直接领导，从此走上企业化道路。民航云南省局接受民航成都管理局和云南省政府双重领导，以民航领导为主，走企业化道路，按国营企业规范进行管理。在云南省委、省政府的支持下，先后于1985年、1986年、1991年从国外引进3架波音737-300型客机。民航云南省局自引进第一架波音737Y型飞机后，昆明地区航空运力的布局逐渐得到改善。

  昆明机场经过近30年的不断使用，跑道道面多处断裂和破损，调度指挥、通讯导航、供电、供油等设施也逐渐老化，已不能适应发展的需求。特别是改革开放以后，航空运输量急剧增加，巫家坝机场的各项设施，已远远不能适应发展的需要，扩建巫家坝机场已成为当务之急。

  1985年5月，经国家计委批准扩建昆明巫家坝机场，1987年正式开工。在机场扩建期间，为不中断昆明至国内外的航班运输，民航云南省管理局打破常规，大胆采取边飞行、边施工的办法，创下了历史上机场边修建边飞行的先河。经过一年多的紧张施工，1988年5月，长3 000米、宽44米，水泥混凝土道面的副跑道竣工投入使用。1990年3月，长3400米、宽45米，水泥混凝土道面的主跑道工程建成启用，可起降波音747、空中客车A340等大型客机。同时，新建3万多平方米客机坪，可同时停放8架大中型飞机。

  1992年7月28日，云南航空公司（简称“云航”）在原民航云南省管理局的基础上以“一个机构，两块牌子”的双重身份登台中国航空大市场，基地为昆明巫家坝国际机场。云航将徽标定为“金孔雀”。孔雀不仅是云南的象征，更代表云南26个民族纯洁、善良、热情和好客的形象。

  在强手如云的民航大市场中，云航代表云南参与角逐。短短两年不到的时间里，已拥有世界先进的波音737-300型飞机6架。云航在开辟国内航线的同时，依托云南所处的区位优势，挤身于国际航空运输市场，仅在1993年短短的几个月时间里，相继开辟出昆明至新加坡、曼谷、吉隆坡3条国际航线，开创了云南航空前所未有的新局面，第一次形成了比较完善的以昆明机场为中心，内联外开的航空运输网络，使昆明机场通航的城市达40个。